Calculs intensifs

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L'équipe ModES a participé au financement d’un cluster de calcul local accompagné de services de stockages ainsi que de nœuds de pré-post-traitement.

Avec le soutien de :

Responsable : Aymeric BLONDEL

Les ressources de calcul locales Pekka complètent l’offre régionale et nationale. Elles sont dédiées à des usages spécifiques et géré par le service de calcul intensif du laboratoire, qui propose aux chercheurs la solution la plus adaptée à leurs besoins.

Au niveau local, ces ressources sont principalement utilisées pour :

  • le prototypage,
  • le pré- et post-traitement des calculs,
  • les besoins en mémoire importante,
  • les calculs nécessitant un disque local rapide,
  • ou encore les calculs non relançables, nécessitant des temps d’exécution non standards.

Par exemple, le cluster Pekka a permis de réaliser des calculs très exigeants en ressources, comme la série de publications alimentant Quest dont l’objectif est de fournir des énergies d’excitation verticale de référence pour des molécules de petite et moyenne taille. Ces données permettent d’évaluer et de comparer la précision des méthodes de chimie quantique computationnelle.

Cluster Pekka :

 

Dernière mise à jour: 15/06/2026
Date de mise en production: 2014 solution ClusterVision
Réinstallation complète en 2022 avec des solutions opensources.
Refroidissement: Unité de refroidissement modulaire LCP
OS : ALMA linux
Job manager : Slurm

Série CPU Nb Noeuds Coeurs/noeud Ram/Noeud Disque local /work Walltime max
Intel E5-2670 4 16 128 Go 500 Go 240 H
Intel Xeon-4114 3 20 96 Go 900 Go 48 H
Intel  E5-2697 v3 3 28 192 et un a 256 Go 4 To 2160 H
AMD EPYC 7443 2 48 2 To 6.5 To 2160 H
AMD EPYC 9354 2 64 1..5 To 6.5 To 2160 H
Intel Xeon(R) Gold 5320 1 52 4 To  12 To 2160 H

Visualisation et pré- et post-traitements : Fonctionnalités

  • Stations 1 et 3 :
    Prototypage d’applications, conteneurisation, création de workflows de calcul, inférence et entraînement de modèles avant un possible transfert vers le mésocentre régional.
    Ces deux stations peuvent également lancer des calculs sur les nœuds du cluster Pekka.
  • Station 2 :
    Hébergement d’applications d’analyse ou de traitement de données de calcul.
    Exemple : hébergement de la Cambridge Structural Database (CSD) et de ses logiciels associés.

Logiciels de chimie quantique :

Dernière mise à jour: 15/06/2026

  • CFOUR
  • Dalton
  • MRCC
  • OpenMolcas
  • Psi4
  • DFTB+
  • ORCA
  • Q-Chem
  • Turbomole
  • Gaussian
  • fcClasses
  • GROMACS
  • SHARC
  • OpenMolcas

* Certains logiciels peuvent ne pas être installés simultanément sur les deux plateformes, GLiCID et Pekka. Leur disponibilité est donc à vérifier au cas par cas.


Stockages :


L’équipe MODES dispose d’un espace de stockage tiède de 300 To fourni par GLiCID. Une solution de sauvegarde d’une partie des données tièdes et froides issues des calculs est assurée par le service de calcul intensif du CEISAM.
La documentation est disponible en intranet.